バックオフィスSaaS

設立したばかりの法人のインボイス登録申請：設立日から登録するための期限と手順

2026-10-02　インボイス制度・法人設立・消費税

本記事には広告（アフィリエイトリンク）が含まれます。詳しくは広告掲載ポリシーをご覧ください。

結論

設立したばかりの法人は、設立した事業年度（最初の課税期間）の末日までに登録申請をすれば、その課税期間の初日（設立日）にさかのぼって適格請求書発行事業者（インボイス発行事業者）の登録を受けることができます。国税庁の申請手続のページで、2026年10月2日に確認しました。

ただし、登録すると消費税の申告が必要になります。取引先からインボイスを求められるかどうかを確かめてから決めるのが順序です。

そもそも登録が必要になる場面

インボイス（適格請求書）は、税務署長の登録を受けた適格請求書発行事業者でなければ交付できません。

買手の側では、一定の事項を記載した帳簿と請求書等の保存が、消費税の仕入税額控除の要件です。免税事業者など、登録を受けていない事業者からの仕入れは、原則として控除できません。令和13年9月30日までは、一定の要件のもとで仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置があります（国税庁 タックスアンサー No.6498）。

このため、取引先が課税事業者の場合は、インボイスの交付を求められることがあります。

設立直後の法人は「新たに事業を開始した事業者」

国税庁の申請手続のページ（登録申請手続を行う前に）では、事業者区分を「課税事業者」「免税事業者」「新たに事業を開始した事業者」に分けて案内しています。「今期新たに法人を設立された事業者」は「新たに事業を開始した事業者」に該当します。

設立1期目の法人は、比べる基準期間がないため、原則として消費税の免税事業者です。ただし、基準期間がない事業年度の開始の日に資本金等の額が1,000万円以上の法人（新設法人）や、特定新規設立法人に該当する法人は、課税事業者です（国税庁「ケース別登録申請書（フローチャート）」の用語説明）。

設立日から登録を受けるための期限

国税庁は、新たに事業を開始した事業者について次のように案内しています。

• その課税期間の初日にさかのぼって登録を受けることができる
• そのためには、その課税期間の末日までに登録申請を行う必要がある

法人の「課税期間の初日」は、原則として事業年度の初日（設立日）です。フローチャートでは、この場合の「課税事業者になる日」と「登録年月日（インボイス発行事業者になる日）」は、どちらも課税期間の初日とされています。

つまり、1期目から事業活動をしている法人は、1期目のうちに申請すれば設立日から登録を受けられます。1期目の末日を過ぎると、設立日までさかのぼることはできません。

なお、設立登記をしただけで1期目には事業活動をせず、2期目以降に実質的に事業活動を始めた法人は、事業活動を始めた課税期間が「事業を開始した課税期間」に含まれます。この場合は、その課税期間の初日から新規開業者として登録を受けることができます（国税庁 新規開業者向けFAQ 法人７・新規開業者向けページ）。

事業を開始した課税期間を過ぎてから登録する場合

事業を開始した課税期間より後に、免税事業者のまま登録する場合は、申請書に「登録希望日」を書きます。登録希望日は、申請書の提出日から15日以降の日です。この経過措置は、令和11年9月30日までの日の属する課税期間中に登録を受ける場合に使えます（国税庁 記載要領）。

申請の方法

1. e-Tax で申請する：「e-Taxソフト（WEB版）」は問答形式で入力できます。スマホ・タブレットでの申請は国内の個人事業者に限られるため、法人はパソコンで申請します。事前に電子証明書と利用者識別番号（16桁）が必要です。登録通知のデータは、e-Tax のメッセージボックスの「通知書等」に届きます。
2. 書面で郵送する：登録申請書（国内事業者用）を作成し、納税地を管轄する国税局の「業務センター」へ送付します。

申請書の「事業者区分」欄の記載は、国税庁のフローチャートのケース1（事業を開始した課税期間の初日から登録を受ける場合）に沿って書きます。新設法人など、フローチャートに当てはまらない場合は所轄の税務署に相談するよう案内されています。

登録までの期間

申請から登録通知までには審査の期間がかかります。国税庁は「登録通知時期の目安」を公表しており、2026年10月2日時点の最新版は令和8年9月18日付でした。目安は申請状況で変わるため、申請前に最新版を確認してください。記載漏れや誤りがあると、さらに時間がかかります。

登録すると変わること

• 登録番号：法人番号を持つ法人は「T＋法人番号」です。
• 公表：申請書に書いた名称と本店又は主たる事務所の所在地が、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で公表されます。
• 消費税の申告：国税庁は、免税事業者が登録を受ける場合、原則として登録を受けた日から2年間は消費税の申告が必要になると案内しています（登録をやめた場合も同様）。
• 免税に戻らない：登録を受けている間は、基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも納税義務は免除されません。
• 交付と保存の義務：取引の相手方（課税事業者に限る）から求められたら、原則としてインボイスを交付し、その写しを保存する義務があります。

2割特例は、これから設立する法人には使えない

免税事業者が登録して課税事業者になった場合に、納付税額を売上税額の2割にできる「2割特例」は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する課税期間が対象です（国税庁 タックスアンサー No.6498）。2026年10月1日以後に始まる課税期間は対象になりません。令和9年・令和10年の「3割特例」は、小規模な個人事業者向けの措置です。

インボイスを発行する仕組みの準備

登録したら、交付する請求書にインボイスの記載事項（登録番号など）を載せる必要があります。記載事項は国税庁のタックスアンサー No.6625「適格請求書等の記載事項」で確認できます。

クラウド会計ソフトの例として、freee会計の導入を取り扱う株式会社Wizの案内を載せておきます（リンク先はWizのページです）。導入の前に、自社の請求書の出し方と経理の体制に合うかを確かめてください。

PRfreee会計の導入案内（株式会社Wiz）

運営者の視点

当媒体は、設立直後の法人がまず押さえるべき点は「登録するかどうか」の判断よりも、「事業を開始した課税期間の末日」という期限だと考えます。理由は、その期間のうちに申請すれば課税期間の初日にさかのぼって登録できる一方、期限を過ぎるとさかのぼる方法がなくなり、取引先に説明する手間が増えるためです。

一方で、登録すると原則2年間は消費税の申告が続き、2割特例もこれから設立する法人には使えません。主な取引先が企業か個人の消費者かを先に確かめ、企業が中心なら事業を開始した課税期間のうちに申請する、という順で判断するのが現実的です。

まとめ

• 設立直後の法人は「新たに事業を開始した事業者」。1期目から事業活動をしているなら、1期目の末日までに申請すれば設立日から登録を受けられる。
• 申請は e-Tax（法人はパソコン）か、業務センターへの郵送。
• 登録すると、原則2年間は消費税の申告が必要。2割特例は2026年10月1日以後に始まる課税期間には使えない。
• 登録通知までの期間は、国税庁の「登録通知時期の目安」の最新版で確認する。

この記事は2026年10月2日時点で国税庁の公開資料を確認して書いています。個別の判断は税理士または所轄の税務署にご相談ください。

← バックオフィスSaaSの記事一覧へ